«Восточная коллекция» – одна из составляющих «золотого фонда» Научной библиотеки. Ее формирование началось с XVIII в., когда в Иркутске зародился интерес к восточным языкам – монгольскому, маньчжурскому, китайскому, японскому. Первые книги принадлежали переводчикам А. С. Агафонову, Ф. И. Бакшееву, А. Н. Парышев и др., а также преподавателям Иркутской духовной семинарии и православным миссионерам А. В. Игумнову, А. М. Орлову, К. К. Стукову, А. Н. Асламову. К середине XIX в. ими были собраны уже значительные коллекции. В 1920 г. сохранившиеся книжные собрания Иркутской мужской гимназии, Иркутской духовной семинарии были национализированы и переданы во вновь открывшийся Иркутский университет в Отдел редкой книги.
В начале 90-х гг. XX в. коллекция пополнилась книжным собранием из личной библиотеки С. В. Шостаковича, профессора Иркутского государственного университета.
«Восточная коллекция» насчитывает более 1 500 ед. хр. и включает рукописи, книги, свитки, ксилографы XVII–нач. XX вв. В ее состав входят сочинения по философии, теологии, истории, религии, лексикографии, естествознанию, искусству, художественные произведения и др., а также словари, грамматики, разговорники монгольского, японского, китайского языков, пособия по изучению восточных языков.